این بخش با چهار رویکرد اساسی ذیل
o توسعه مرکزدر زمینه ارتباطات و تولید علم
o تجهیز و به عبارت بهتر تکمیل سخت افزاری و نرم افزاری
o تبدیل شدن به پایگاه اطلاعات پزشکی ورزشکاران
o خدمات به ورزشکاران
وظایف زیر را دنبال می‌نماید:
ایجاد کلینیک‌های تخصصی لازم با توجه به سیاست‌های مرکز پزشکی ورزشی آکادمی ملی المپیک و کمیته ملی المپیک جهت پیشگیری، تشخیص و درمان مشکلات و بیماری‌های ورزشکاران و مربیان تیم‌های ملی.
ایجاد پرونده‌های تخصصی و معاینات تخصصی ورزشکاران و مربیان تیم‌های ملی
پیشگیری از تمامی بیماری‌ها و مشکلات قابل پیشگیری در ورزشکاران تیم‌های ملی.
از اولویت های مهم این دپارتمان راه‌اندازی و تجهیز اولین کلینیک قلب و ورزش برای تشخیص و پیشگیری از بیماری‌های اختصاصی قلبی نظیر تست ورزش، اکوکاردیوگرافی و اسپیرومتری با تشخیص مشکلات قلبی خاموش ورزشکاران اقدام به درمان آنها می‌نماید. سایر کلینیک‌های تخصصی مثل ارتوپدی، توانبخشی و ریه از برنامه‌های آینده بود تا بتواند خدمات پزشکی تخصصی را به ورزشکاران و مربیان تیم‌های ملی ارائه دهد.
با توجه به ایجاد پرونده تخصصی برای ورزشکاران این مرکز قادر خواهد بود که تحقیقات کاربردی در زمینه‌های گوناگون مشکلات و بیماری‌های ورزشکاران با توجه به رشته ورزشی آنها انجام داده و در صورت امکان جهت پیشگیری از آنها راهکارهای مناسب را ارائه دهد. ارائه مقالات، ترجمه مقالات روز و کتاب‌های معتبر از دیگر وظایف این مرکز در جهت گسترش و اعتلای دانش تخصصی پزشکی ورزشی می‌باشد.
برپایی همایش‌ها و دوره‌های مربوطه از دیگر وظایف این دپارتمان است. در همین رابطه اولین کنگره علمی قلب و ورزش در اسفند سال 1385 در آکادمی ملی المپیک با همکاری انجمن قلب و عروق و بیمارستان شریعتی و مرکز قلب و عروق دانشگاه تهران در دو روز برگزار گردید. این دپارتمان در نظر دارد با ارائه دوره های تخصصی پزشکی ورزشی مثل پزشکی در فوتبال با همکاری فدراسیون فوتبال پیشگام در برگزاری دوره‌های تخصصی پزشکی ورزشی باشد.